1、即便是最干凈的樣品也會含有痕量或微量的非揮發(fā)或半揮發(fā)性物質。在反復的多次進樣后，無論是干凈的或是相對較臟的樣品都會有非揮發(fā)性的雜質沉積在色譜柱的入口端內表面。
2、色譜柱的柱前幾米對于樣品是很重要的，在程序升溫的分析過程中，樣品譜帶首先堆積在這一段上，所以大部分的保留也是在這一段產生。
3、柱內污染物的存在會導致一系列的問題：峰型變差，柱效降低，前后兩次進樣的峰面積再現性差，這都是由于污染物的存在，使固定相對樣品的保留（吸附或吸收）不同所致。
4、半揮發(fā)性的雜質也會導致峰型變差，因為他們會聚集在柱頭，干擾流動相和固定相之間的正常分配和樣品譜帶的結構。
5、用一個色譜柱測試液（醇類混合溶液）可以更深入的研究半揮發(fā)性雜質存在的影響。如果柱內吸附有半揮發(fā)性雜質或存在活性部位，醇類會有明顯的拖尾，而且保留時間長的醇（較后流出、揮發(fā)性較低）的拖尾現象更加嚴重。但若經測試，醇類沒有拖尾現象，則可認為色譜柱還未被污染。
6、即便在樣品提取和準備時很仔細小心，但處理后的樣品中仍會含有半揮發(fā)性或不揮發(fā)的雜質，即便其含量很小。但好的樣品前處理方式和使用清潔的容器還是能減少進樣帶入系統(tǒng)的污染物。
7、可使用預柱來保護色譜柱，或在色譜柱前接一段1至5米長的未涂敷硅土柱，用以捕獲那些半揮發(fā)性及非揮發(fā)性的雜質。
8、將色譜柱的進樣端截去0.5至1米，通常也會解決或者部分的解決這個問題。
色譜柱固定相流失嚴重以致無法達到所需的柱效或分離度：
1、隨著時間的推移，固定相隨自然流失過程從色譜柱損失。流失速率取決于對色譜柱的保護和膜厚度以及固定相的極性。
2、在某種程度上，即使是系統(tǒng)定義的適用性或正在運行一般需求的分析，色譜柱仍然無法達到分析要求。需要對色譜柱進行老化處理的癥狀包括峰形變差和柱效降低 (峰加寬)。
3、大多數情況下，柱效能可以通過割掉柱前約0.5-1米長的色譜柱來進行修復，這樣做可以有效地去掉由于熱降解反應損壞的色譜柱部分。如果反復裁剪(×3)色譜柱仍無效果，有可能顛倒柱前柱后可能會有類似的恢復效果。如果以上措施都不能修復，則需要更換色譜柱。
4、在某些情況下，在柱前接一個保護柱(0.5-5米長未涂層的石英毛細管)，可以用來延長分析柱的使用壽命。